ChIP-Seq
ChIP-Seq データ解析に関する記事一覧。ピーク検出、モチーフ解析、Gene Ontology、可視化など。
記事一覧
- 2つのTF ChIP-seq の共通結合領域を探す
- BowtieでChIP-seq のデータをリファレンスゲノムにマッピングする
- deeptools
- MACS2を利用してChIP-Seqのピークを探す
- Peakを近傍に持つ遺伝子によく観察されるGene Ontolgyを挙げる
- Position weight matrix から Sequence Logo を描く
- Position weight matrix を既知モチーフデータベースに対して検索する
- summit からのモチーフまでの距離分布を描く
- ピーク内に頻出するDNAモチーフ配列を発見する
- ピーク内のゲノム配列をFASTA形式で得る
- ピーク内の配列のなかから既知のDNAモチーフ配列を発見する
- モチーフ間距離分布を描く
- 既知のモチーフ配列/PWMのデータを得る: JASPAR
- 結合サイトの予測 GPS