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The Cat Way
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  2. その他/

Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する

·2 分

vagrant のインストール
#

http://www.vagrantup.com/ から dmg ダウンロードし、インストールする。

vargrant をセットアップする
#

aws にプロビジョニングできるプラグインをインストールする。

$ vagrant plugin install vagrant-aws

AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。 $ vagrant box add dummy https://github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box

Vagrantfile を作る
#

Bioconductor 公式のBioC-Devel入りの AMI を利用する。リージョンはバージニアだけ。知る必要はないがアカウント名は root です。

まず適当なディレクトリを作る。

$ mkdir bioc-devel
$ cd bioc-devel

初期化する。

$ vagrant init

Vargrantfile にいろいろ書く。

$ jed Vargrantfile
# -*- mode: ruby -*-
# vi: set ft=ruby :

require 'yaml'
require 'pp'

aws_conf = YAML.load_file('./.aws.yaml')
# pp aws_conf

VAGRANTFILE_API_VERSION = "2"
Vagrant.configure(VAGRANTFILE_API_VERSION) do |config|
  config.vm.box = "dummy"

  config.vm.provider :aws do |aws, override|
    aws.access_key_id        = aws_conf['access_key_id']
    aws.secret_access_key    = aws_conf['secret_access_key']
    aws.keypair_name         = aws_conf['keypair_name']

    aws.instance_type        = aws_conf['instance_type']
    aws.ami                  = aws_conf['ami']
    aws.region               = aws_conf['region']
    aws.security_groups      = aws_conf['security_groups']
    aws.tags = {
      'Name'        => aws_conf['tags']['Name'],
      'Description' => aws_conf['tags']['Description']
    }
    aws.elastic_ip = true

    override.ssh.username         = aws_conf['ssh_username']
    override.ssh.private_key_path = aws_conf['ssh_private_key_path']
  end

  # shell
  config.vm.provision :shell, :path => "bootstrap.sh"

end

プロビジョニングされたときにAMI上で実行されるシェルスクリプトを作る。今回はなにも実行しない。

$ echo "#\!/bin/sh” > bootstrap.sh

AWSに作るインスタンスの設定を作る
#

Keypair を作る
#

AWSにログインし keypair を作る。ダウンロードされた .pem を ~/.ssh/.pem にコピー後、400にする

$ cp ~/Downloads/*.pem ~/.ssh
$ chmod 400 ~/.ssh/*.pem

Security Group を設定する
#

default の Inbound で SSH の source を 0.0.0.0/0 にする。注意: 本来はIP制限すべき。 アカウントの access key id や secret access key を調べておく。

AWSの設定ファイルを作る
#

注意: 以下をうっかり github とかにアップしないように!! .gitignore に書いておこう。 AWSの情報をYAMLで書いておく。Vagrantfile と切り分けるためです。

$ jed .aws.yaml
access_key_id: XXXX
secret_access_key: XXXXXX
keypair_name: XXXX
ssh_username: root
ssh_private_key_path: ~/.ssh/XXXX
instance_type: m1.xlarge
region: us-east-1
ami: ami-81acace8
security_groups:
 - default
tags:
 Name: bioc-devel
 Description: bioc-devel

プロビジョニングして、SSHでログインする
#

$ vagrant up --provider=aws
$ vagrant ssh

Rを実行して、Bioconductor Devel が使えることを確認する
#

$ R
R Under development (unstable) (2014-02-24 r65070) -- "Unsuffered Consequences"
Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
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  Natural language support but running in an English locale

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'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
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Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.13.3), ?biocLite for help