Rから Refseq や UniProt-KBの情報を高速に検索する
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ここでは、R package の genesearchR を使って、NCBI RefSeq と UniProt-KB の全文検索を高速に行う 方法を述べます。
インストール#
Rを起動します。
sudo R関連するパッケージをインストールします。
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicRanges")
install.packages("devtools")
install.packages("roxygen2")
library(devtools)
install_github("genesearchr", "dritoshi")使い方#
library("genesearchr")
## RefSeq
my.hs.gene <- refSeqSearch(query = "NM_001518", species = "hs")
my.mm.gene <- refSeqSearch(query = "homeobox", species = "mm")
## UniProt-KB
my.gid.gene <- uniprotSearch(query = "GeneID:93986")
my.eco.gene <- uniprotSearch(query = "eco:b2699")
## Genome DNA Sequence
my.mm10.dna <- genomeSearch(query = "TTCATTGACAACATTGCGT", db = "mm10", k = 2)Search オプション#
検索ワードの指定の仕方は以下のサイトを参考にしてください。
仕組み#
genesearchR は以下のサービスを検索した結果をRに取り込みます。