品質管理
記事一覧
- bed file の重複領域をマージして行数を減らす
- bed file を染色体ごとのファイルへ分割する
- DNA配列のGC%を計算する
- FASTA/FASTQ/SAM/BAMの詳しいステータスを得る
- FASTQ format について
- FastQCによるシーケンス実験の品質チェック
- featureCount で bam と gtf からリードカウントを得る
- samtools で sam/bam ファイルを操作する
- アダプター配列除去 FASTX_Toolkit fastx_clipper
- シーケンスリードのカバレッジ(被覆率)を計算する
- シーケンスクオリティが低いのリードを除く
- ゲノムのリピート領域にマッピングされたリードを除く
- なぜアダプタやプライマー配列を除く必要があるのか
- ランダムにリードを取り出す
- 異なるバージョンのゲノム座標を変換する: liftover
- 異なる生物間のゲノム座標を変換する: liftover