RとBioconductorでNGS解析: 2限 RNA-seq データ解析
はじめに # この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」2限目「RNA-seq データ解析」の講義資料です。
この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。
対象 # ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq データ解析について説明します。基本的な Unix コマンドが利用できることが望ましいです。
学習範囲 # RNA-seq を取り扱います。データのQCやマッピング、発現量の定量については、Rではなく、ほかのオープンソースプログラムを利用して解析を行います。Rと Bioconductor ではその後の高次解析から論文の図の作成に至るまでを紹介します。データについては Bioconductor のパッケージに添付されている RNA-seq データを使います。
RNA-seq # illumina HiSeq は、塩基とその精度を表す quality value のセットで出力します。これは fastq file と呼ばれており、すべての解析のスタートになります。
R 入門—統計解析初歩から NGS 解析まで
はじめに # この文章は、「微研部員会 夏の学校: R 入門—統計解析初歩から NGS 解析まで」の講義資料です。
この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。
対象 # ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq データ解析について説明します。基本的な R/Bioconductor と Unix コマンドが利用できることが望ましいです。R の使い方については、付録: R/Bioconductor を参考にしてください。
学習範囲 # RNA-seq を取り扱います。データのQCやマッピング、発現量の定量については、Rではなく、ほかのオープンソースプログラムを利用して解析を行います。Rと Bioconductor ではその後の高次解析から論文の図の作成に至るまでを紹介します。データについては Bioconductor のパッケージに添付されている RNA-seq データを使います。
RとBioconductorでNGS解析: 1限 Rの基礎
はじめに # この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」1限目「Rの基礎」講義資料です。
この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。
対象 # ここでは、本講義を理解する上で知っておきたい、Rの基本的な使いかたについて解説します。対象とするのはプログラミング初心者でRを利用したことがない人が対象です。また、なんとなくRを覚えてきた人が基礎的な知識を整理するためにも役に立つでしょう。
準備 # 本講義はハンズオンではなく講師の操作を眺めるスタイルですが、一緒に実行してみたい場合は、ご自分のパソコンを持ち込み、以下の準備をしてくることを強くお勧めします。推奨環境は Mac OS X や Linux ですが、Rで実行するプログラムはすべて Windows でも同じように動作します。
まずは R をインストールします。http://rstudio.org/ から、利用しているOSに適した RStudio Desktop をインストールします。起動や終了は普通のアプリケーションと同じです。起動したときに3つのペイン(ウィンドウ内にある小窓)が見えますが、左下の console という部分に、Rのプログラムを書き込んでいきます。
Proxyの設定 # もし http_proxy の設定が必要な場合は、以下のように設定します。
R 入門—統計解析初歩から NGS 解析まで: 付録 RとBioconductorの基礎
はじめに # この文章は、「微研部員会 夏の学校: R 入門—統計解析初歩から NGS 解析まで」の講義資料です。
この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。
対象 # ここでは、本講義を理解する上で知っておきたい、Rの基本的な使いかたについて解説します。対象とするのはプログラミング初心者でRを利用したことがない人が対象です。また、なんとなくRを覚えてきた人が基礎的な知識を整理するためにも役に立つでしょう。
準備 # 本講義はハンズオンではなく講師の操作を眺めるスタイルですが、一緒に実行してみたい場合は、ご自分のパソコンを持ち込み、以下の準備をしてくることを強くお勧めします。推奨環境は Mac OS X や Linux ですが、Rで実行するプログラムはすべて Windows でも同じように動作します。
まずは R をインストールします。http://rstudio.org/ から、利用しているOSに適した RStudio Desktop をインストールします。起動や終了は普通のアプリケーションと同じです。起動したときに3つのペイン(ウィンドウ内にある小窓)が見えますが、左下の console という部分に、Rのプログラムを書き込んでいきます。
RとBioconductorでNGS解析: 3限 ChIP-seq データ解析
はじめに # この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」3限目「ChIP-seq データ解析の基礎」の講義資料です。
この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。
対象 # ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った ChIP-seq データ解析について説明します。基本的な Unix コマンドが利用できることが前提です。
学習範囲 # ChIP-seq を取り扱う。Peak解析については、Rではなく、ほかのオープンソースプログラムを利用して解析を行う。Rと Bioconductor ではその後の高次解析から論文の図の作成に至るまでを紹介します。
ChIP-seq # illumina HiSeq は、塩基とその精度を表す quality value のセットで出力します。これは fastq file と呼ばれており、すべての解析のスタートになります。
RとBioconductorでNGS解析: 3限 ChIP-seq データ解析
はじめに # この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」3限目「ChIP-seq データ解析の基礎」の講義資料です。
この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。
対象 # ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った ChIP-seq データ解析について説明します。基本的な Unix コマンドが利用できることが前提です。
学習範囲 # ChIP-seq を取り扱う。Peak解析については、Rではなく、ほかのオープンソースプログラムを利用して解析を行う。Rと Bioconductor ではその後の高次解析から論文の図の作成に至るまでを紹介します。
ChIP-seq # illumina HiSeq は、塩基とその精度を表す quality value のセットで出力します。これは fastq file と呼ばれており、すべての解析のスタートになります。